现在的金阁寺现址原为镰仓时代西园寺家的宅邸，由藤原公经（即后来的西园寺公经）所建，当时被称为“北山第”。应永元年（1394年），足利 義満（あしかが よしみつ）与西园寺家交换，获得这片土地并开始修筑改建。1350年，義満（义满）让征夷大将軍（せいいたいしょうぐん）之位于其子足利 義持（あしかが よしもち），并将“北山第”命名为“北山殿”。义满随后将“舍利殿”作为自己修禅的场所，用金箔装饰外墙，使之金碧辉煌，在阳光的照射下更是熠熠生辉。当时的人们便称它为“金阁殿”。义满去世后，儿子义持遵照他的遗愿，恳请临济宗大师，同时也是造园名家夢窓疎石（むそう そせき）开山，将北山殿由宅邸用途改为禅寺，并以义满的法号命名为鹿苑寺，山号则为“北山”。“北山文化”也因此得名。

在1467年应仁之乱（応仁の乱 おうにんのらん）中，除了金阁舍利殿，其余大部分的建筑物都被焚毁，金阁寺成为北山文化唯一的建筑遗址。昭和25年（1950年），舍利殿因为一名21岁的见习僧人林承贤放火而完全烧毁。殿中所供奉的经书，足利义满像，观音造像等也一并尽数烧却，再难重现。

林承贤在逮捕后，承认其动机是“世界太乱了”和“我想报复社会”。他从小就患有严重口吃。进入金阁寺后，一边是家里的母亲对他寄予的厚望，另一边是他自身对于寺院经营现实的失望， 诸多复杂的情绪混合在一起， 使他无法承受。终将金阁寺付之一炬。

在中国，许多人是通过日本名作家三島由紀夫（みしま　ゆきお）的同名小说《金阁寺》知道金阁舍利殿的。三岛由纪夫将烧毁金阁寺的复杂情感解释为：“因口吃和不幸的成长而在金阁中对美的钦佩和反感放火了。”

1955年，根据明治时代翻修时留下的图纸，鹿苑寺金阁开始重建。金阁共有三层，一层为“寝殿造”风格，常见于平安时代贵族建筑，称为“法水院”；二层为“武家造”，即武士建筑风格的“潮音洞”；三层为禅宗建筑、模仿唐朝风格的“究竟顶”，顶端以象征吉祥的金凤凰作为装饰。虽然金阁广为大众所知， 但实际上鹿苑寺庭园作为池泉回游式庭园，金阁之外的“庭（にわ）”才是世界遗产的重点，也更有看点。毕竟金阁经过多年重建和修护，舍利殿本身早已不是当年的舍利殿，但不变的是当年梦窗国师留下的玄妙心思。鹿苑寺中更是有足義満将军亲手所植盆栽，已有600年以上树龄的“陆舟之松”等充满历史感的造景。下次去的话，不妨刻意选择和人群相反的路线，最后观赏金阁。想必曲径通幽，“密林深处”突然出现的金光闪闪，也是另一番趣味吧。